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根據史料記載，本名林默娘的媽祖在16歲那年，為解救因出海捕魚而遭遇暴風雨的父親與哥哥，自己捨身投海救人，卻因此喪命，相傳其遺體就是漂流到現在馬祖的澳口。馬祖村民感念林默娘的孝行，便將她厚葬於今日的馬祖村馬港天后宮靈穴。

媽祖天后宮最特別之處在於廟中有媽祖的靈穴，當地人稱為「肉身靈穴」。這座廟幾乎每 20年就會整修一次，唯一不變的是石棺靈穴。直到近年，媽祖為了體恤觀光客，才顯靈同意讓廟方在靈穴上覆蓋強化玻璃，四周加上石刻神龍守護。