歷史起源
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相傳宋時，福建省興化府莆田縣湄州島東螺村，漁民林愿之六女默娘，秉性嫻淑，事親至孝。某日父出海捕魚，不幸遇風罹難，默娘痛不欲生，乃投海尋父，卒負父屍漂流至南竿島。鄉人感其孝行，厚葬立廟祭祀，尊稱為媽祖，並以其名作為列島總名以示紀念。至於「媽祖」如何變成「馬祖」，普遍則有兩種說法，一說是為避媽祖名諱，乃改為「馬祖」，另一說則是軍管時期，軍方認為「媽祖」無法突顯出戰地前線精神，故去「女」字邊，增加剛猛之氣。
馬祖最早的遺跡出現在東莒，鑑定為新石器時代的文物，南竿、東引等地也曾採集到宋、元時期的生活用品，如陶、貝等，具體的事蹟則記錄在南竿仁愛村（昔稱鐵板）大王宮，石碑上寫著「林酉才喜捨中統鈔二十貫」，中統鈔是元世祖時流通的貨幣，由此推斷南竿當時已有聚落形成。
清嘉慶年間，連江縣居民看中馬祖島嶼豐富的漁產資源，離鄉背井移民於此，民國初年又一波移民自福建長樂縣渡海定居，為便於捕漁作業，以灣澳為原點，發展出一澳一村的聚落模式，也為島上帶來閩東文化及信仰。後來切斷與大陸的臍帶，馬祖地區在原來文化架構下遂逐漸發展出屬於自己的特色。
