依據「離島建設條例」第16條規定，為加速離島建設，應設置離島建設基金(以下簡稱本基金)，基金總額不得低於新臺幣300億元，由中央政府分10年編列預算或指定財源撥入。本基金爰於90年度成立，迄99年度止國庫累計撥入基金已達300億元，自100年度起國庫未再編列預算撥補基金。
為有效運用本基金，推動離島建設，行政院90年3月16日依前開條例規定及「預算法」第21條規定，訂定「離島建設基金收支保管及運用辦法」，並自發布日起施行。
為鼓勵民間業者共同參與離島投資開發，活絡當地經濟，並使本基金永續經營，制定「離島永續發展優惠貸款要點」，且為解決解決擔保品不足問題，導入信用保證機制，協助業者取得融資。